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ヴィッセル神戸は、岡山県倉敷市を本拠地としていた1966年発足の川崎製鉄水島サッカー部（1987年川崎製鉄サッカー部に名称変更）を神戸に誘致し、1995年よりスタートした。練習開始予定だった1月17日に阪神・淡路大震災が起こり、そこから神戸の復興とともに歩んできたヴィッセル神戸は、サンフレッチェ広島の監督をしていたイギリスのスチュアート・バクスター監督を中心に攻守バランスのとれたチーム作りを行ってきた。当時清水エスパルスのエースだった永島昭浩が「神戸を勇気づけたい」と95年のシーズン途中に移籍してきてからは得点力が増し、1995年JFLでは6位、1996年には準優勝をし、Jリーグ昇格を決めた。誕生より2年での昇格はまさにヴィッセル旋風。バクスター監督はフェアプレーを重視し、チームはJFLフェアプレー奨励賞受賞するなど、紳士的なサッカーはいまでも引き継がれている。
Jリーグに昇格したものの厳しい洗礼を受け、1stステージ14位、2ndステージ最下位となったヴィッセル神戸は、Jリーグ初のフェアプレー賞を獲得するもバクスター監督は解任された。1998年就任したスペインのベニート・フローロ監督は韓国の爆撃機といわれる金度勲を迎え、永島とともに攻撃力の強化を図るが16連敗を喫しまたしても解任。2ndシーズンからは、郡晴己監督の元なんとかJ1残留を決定した。1999年には元川崎ベルディの監督川勝良一氏を迎え、守る意識を高める安定したサッカーを目指し、2000年には永島の引退、2001年には三浦知良、サントスを補強し観客動員数を伸ばしつつ、成績はJ1において2度の7位の成績を残した。だが、頻繁な降格危機があり、2002年1stシーズン途中で松田浩コーチが監督に昇格。2003年はサガン鳥栖の元監督副島博志氏を迎えたが成績は振るわず、停滞した雰囲気ができあがっていた。
